Bioinformatiikan sanasto

Proteiinit ja aminohapot

Kaikki | Nukleotidit ja nukleiinihapot |Proteiinit ja aminohapot | Algoritmit, ohjelmat ja tietokannat

Kuvat ja taulukot

Aminohappojen nimet ja lyhenteet | Aminohappojen rakenteet | Aminohappojen atomien nime?minen

A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z | Å

A

alpha-carbon

alfa-hiili

Katso selitystä aminohappojen osien nimeämisestä.
Katso
kuvaa

alpha-helix

alfa-kierre

Proteiinin sekundäärirakenne, jossa proteiinipääketju muodostaa kierteen. Kierrettä pitävät koossa ensimmäisen (n) peptidisidoksen
karbonyyliryhmän ( C=O ) ja neljännen (n+4) peptidisidoksen amidiryhmän ( H-N ) väliset vetysidokset.

amphipathic helix

amfipaattinen kierre

Proteiinirakenteessa esiintyvä kierrerakenne, jossa vesihakuiset ja vesipakoiset aminohapot sijoittuvat kierteen vastakkaisille
puolille.

B

beta-hairpin

hiusneularakenne

Proteiinin sekundäärirakenne, joka koostuu kahdesta vastakkaissuuntaisesta beta-säikeestä ja niitä yhdistävästä silmukasta.

beta-sheet

beta-levy, beta-taso

Vierekkäisten beta-säikeiden muodostama vetysidosten stabiloima proteiinien sekundäärirakenne. Taso on yhdensuuntainen tai
vastakkaissuuntainen sen mukaan, kulkevatko vierekkäisten säikeiden peptidiketjut saman- vai erisuuntaisesti.

beta-strand

beta-säie

Proteiinin sekundäärirakenne, jossa pääketju on lähes maksimaalisesti oienneena. beta-säikeet voivat esiintyä yksittäin, mutta
yleensä ne sijoittuvat proteiinirakenteissa vierekkäin muiden beta-säikeiden kanssa muodostaen beta-levyjä.

beta-turn

beta-käännös

Proteiinin sekundäärirakenne, jossa peptidiketju kääntyy jyrkästi kolmen aminohapon matkalla. Vetysidos pitää käännöstä koossa.
beta-käännöksiä tunnetaan useita eri tyyppejä.

C

CATH

(Class, Architecture, Topology and Homologous superfamily).

Tietokanta, jossa PDB-rakenteiden proteiinidomeenit on luokiteltu rakenteellisten ominaisuuksien mukaan. http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/

chaperone

kaperoni

Proteiini, joka avustaa toisen proteiinin laskostumista.

coiled coil

kiertynyt kierre

Proteiinirakenne, jossa samansuuntaiset alfa-kierteet kiertyvät toistensa ympäri.

D

disulphide bond

disulfidisidos, rikkisilta

Kahden rikkiatomin välinen kovalenttinen sidos. Proteiineissa kysteiinisivuketjujen välisillä disulfidisidoksilla eli rikkisilloilla
on usein merkittävä vaikutus proteiinin kolmiulotteiseen rakenteeseen. Katso disulphide bridge.

disulphide bridge

rikkisilta

Kahden kysteiinisivuketjun rikkiatomien välinen disulfidisidos. Proteiinirakenteissa rikkisillat voivat sitoa kovalenttisesti
yhteen kaksi sekvenssin eri kohdissa olevaa kysteiiniä ja siten vaikuttaa proteiinin rakenteeseen ja sen vakauteen.

G

Greek key motif

Greek kay -motiivi

beta-säikeiden muodostama rakenteellinen motiivi.

H

helix-loop-helix (HLH) motif

kierre-silmukka-kierre -motiivi

Kaksi alfa-kierrettä, joita erottaa silmukka. Transkriptiotekijöihin liittyvä motiivi, joka tunnistaa spesifisiä DNA-sekvenssejä
ja sitoutuu niihin.

helix-turn-helix (HTH) motif

kierre-käännös-kierre -motiivi

Kaksi amfipaattista alfa-kierrettä, joita erottaa lyhyt beta-käännös. Transkriptiotekijöihin liittyvä motiivi, joka tunnistaa
spesifisiä DNA-sekvenssejä ja sitoutuu niihin.

histone

histoni

DNA:han sitoutuva, sitä stabiloiva ja sen toimintaa säätelevä proteiini. Histonit jaotellaan viiteen eri tyyppiin: H1, H2a,
H2b, H3 ja H4. Histonien avulla aitotumallisten (eukaryoottien) DNA pakkautuu tiiviisti.

homeodomain

homeodomeeni

Homeolaatikko-sekvenssin koodaama proteiinin osa.

hydrophilic residue

vesihakuinen aminohappo

hydrophobic zipper (leucin zipper)

hydrofobinen vetoketju

DNA:han sitoutuvissa proteiineissä esiintyvä rakenne, jolla
proteiini tunnistaa sitoutumiskohdan DNA:ssa. Rakenne muodostuu kahdesta rinnakkaisesta kierteestä, joissa molemmissa joka
seitsemäs aminoppo on vesipakoinen (yleensä leusiini).

I

isoschizomer

isoskitsomeeri

Restriktioenstyymit, jotka tunnistavat saman sekvenssin, ovat keskenään isoskitsomeereja.

N

nuclear localization signal

tumaanohjaussignaali

Aitotumallisissa tumaan kuljetettavien proteiinien signaalina toimiva peptidisekvenssi.

nucleotide-binding domain

nukleotidin sitova domeeni proteiinissa.

P

peptide

peptidi

Lyhyt aminohappoketju, pieni proteiini tai proteiinin pilkottu osa.

peptide bond

peptidisidos

Kovalenttinen sidos, jolla aminohapon pääketjun karboksyyliryhmä liittyy toisen aminohapon aminoryhmään.

pleated sheet

aaltoileva tai poimuinen levy

beta-tason tyypillinen rakenne, jossa proteiinin pääketjun muoto aaltoilee. Yksittäisen beta-nauhan perättäiset alfa-hiilet
sijaitsevat vuorotellen beta-tason keskikohdan eri puolilla ja muodostavat beta-tasolle tyypillisen aaltoilevan hienorakenteen.

post-translational modification

translaation jälkeinen muokkaaminen

Translaatiossa tuotettuun aminohappoketjuun tehtävät muutokset, esim. signaalisekvenssien poistaminen tai metyyli-, fosfaatti-
ja sokeriryhmien liittäminen kovalenttisesti proteiiniin.

proteome

proteomi

Eliön tai solun tuottamien proteiinien kokonaisuus.

Q

quaternary structure

kvaternäärirakenne

Useammasta eri aminohappoketjusta koostuvan proteiinikompleksin kokonaisrakenne. Proteiinikompleksin alayksikköjen sijoittuminen
toistensa suhteen.

R

Ramachandran plot

Ramachandran-kuvaaja, kiertokulmakartta, phi-psi-kuvaaja

Proteiinin aminohapot on esitetty kuvaajana, jossa x-akselilla on pääketjun phi-kulma ja y-akselilla vastaava psi-kulma. Kuvaajan
avulla voidaan tarkastella proteiinin stereokemiaa ja sekundäärirakenteiden esiintymistä.

rare-cutter

Restriktioentsyymi, jonka tunnistuskohtia on harvassa.

restriction endonuclease

restriktioentsyymi, restriktioendonukleaasi

Bakterofageja bakteereissa pilkkovia entsyymejä. Restriktioentsyymit tunnistavat tietyn, yleensä palindromisen, DNA-sekvenssikohdan
ja katkaisevat kaksijuosteisen DNA:n tästä kohdasta. Käytetään yleisesti molekyylibiologisissa tekniikoissa.

reverse transcriptase

käänteiskopioija tai -transkriptaasi

Retrovirusten DNA-polymeraasientsyymi, joka pystyy tuottamaan DNA-sekvenssin RNA-sekvenssin perusteella. Käytetään yleisesti
molekyylibiologisissa tekniikoissa.

S

salt bridge

suolasilta

Proteiinirakenteen sisäinen ionisidoksen kaltainen vuorovaikutus positiivisesti ja negatiivisesti varautuneen aminohapon välillä.

supersecondary structure

supersekundäärirakenne

Säännöllinen, useammasta sekundäärirakenneyksiköstä koostuva rakenne.

T

termination factor

lopetustekijä

Proteiini, joka vaikuttaa transkription päätekohdan tunnistamiseen RNA-synteesissä.

topoisomerase

topoisomeraasi

Entsyymi, joka muuttaa DNA:n kolmiulotteista muotoa vaikuttamalla superkierteisyyteen (supercoiling) katkaisemalla DNA:n toisen
tai molemmat juosteet.

Z

zinc finger (metal-binding finger)

sinkkisormi

Joukko sekvenssimotiiveja, joille on yhteistä neljän histidiinin ja/tai kysteiinisivuketjun avulla tapahtuva sinkki-ionin
sitominen. Sinkkisormet yleensä tunnistavat ja sitovat nukleiinihappoketjuja.